对于新城区的公司而言，申请西安商标注册是确保品牌安全、拓展市场影响力的重要一环。然而，在这一过程中，存在一些关键问题，需要公司认真考虑和妥善处理。

首先，公司需要充分理解商标注册的法律风险。商标注册涉及复杂的法律条款和程序，如果不了解相关法律法规，很容易陷入法律纠纷。因此，公司应咨询专业的法律机构或律师，了解商标注册的法律规定和注意事项，确保申请过程的合规性。

其次，公司需要关注商标注册的时机和策略。在市场竞争日益激烈的今天，商标注册的时间节点和策略选择至关重要。公司应根据自身的发展规划和市场需求，合理安排商标注册的时机，并采取有效的策略，提高商标注册的成功率。

此外，公司还需注意商标注册的跨类保护问题。随着公司业务的拓展和市场需求的变化，可能需要将商标应用于不同的商品或服务类别。因此，在申请商标注册时，公司应充分考虑跨类保护的需求，确保商标在不同领域的有效保护。

最后，公司应重视商标注册后的品牌建设工作。商标注册只是品牌保护的第一步，公司还需通过有效的品牌建设活动，提升商标的知名度和美誉度。这包括加强品牌宣传、提升产品质量、优化客户服务等方面的工作。

综上所述，新城区公司在申请西安商标注册时，应关注上述关键问题，制定合适的策略，确保商标的有效保护和品牌的健康发展。